Il Direttore dell'ASSAM, in base alla L.R. 9/1997 e successive modifiche, è nominato dalla Giunta Regionale per la durata della legislatura ed ha la rappresentanza legale dell'agenzia.

• Predispone il programma annuale di attività, i bilanci preventivi e consuntivi, la relazione di gestione e la relazione sull'attuazione del programma.
   
• Predispone inoltre il regolamento di organizzazione dell'ASSAM ivi compresa la determinazione dell'organico del personale, il regolamento di amministrazione e contabile.
   
• Sovrintende all'amministrazione dell'ASSAM, definisce gli obiettivi e gli interventi da attuare, indica le priorità ed emana le conseguenti direttive generali per l'azione amministrativa e per la gestione.
   
• Sovrintende alle attività relative al sistema della conoscenza, alla innovazione, alla progettazione comunitaria e alla biodiversità di interesse agrario.
   
• Sovrintende alla gestione delle attività relative alla certificazione dei prodotti di qualità e tracciabilità e alle attività del Centro Agrochimico regionale per le analisi chimico fisiche dei prodotti e delle matrici alimentari e agronomiche nonchè per le analisi sensoriali dei prodotti agroalimentari.